L’intrigue de Kingdom Hearts II se déroule un an après la fin du premier opus. Entre temps, Sora a été piégé par une sorcière du nom de Naminé qui lui a fait perdre sa mémoire. Cela s’est passé dans Kingdom Hearts Chains of Memories. Dans cet opus est également apparu le XIIIème Ordre/Organisation XIII : un groupe de Nobodies (Simili) dont les intentions sont encore très mystérieuses mais qui paraissent d’ores et déjà comme étant loin d’être innocentes.





Kingdom Hearts II débute suite à ces évènements. Vous commencez l’aventure avec un jeune homme répondant au nom de Roxas. Il vit une vie paisible à la cité du Crépuscule en compagnie de ses amis Pence, Heyner et Olette. Tous rêvent de grandes et belles aventures. Mais derrière cette vie tranquille, Roxas commence à ressentir des situations étranges. En effet, il rêve chaque nuit des aventures de Sora, qu'il ne connaît pourtant pas. Suite à cette entrée assez lente, l’histoire débute enfin et se reconcentre sur Sora. Celui-ci a retrouvé sa mémoire et a légèrement grandi.

Accompagné de Donald et de Dingo, Sora se rend rapidement compte que les sans-cœurs sont toujours présents. En tant que maître de la Keyblade, il va donc devoir repartir faire un tour des mondes afin de fermer les serrures. Derrière cette trame semblable à celle du premier opus se cache en réalité une nouvelle menace emmenée par les Nobodies (Simili). Ces nouveaux ennemis sont également à la recherche de cœurs mais pour les « libérer », ils combattent donc les sans-cœurs mais sont toutefois des ennemis car ils veulent également du mal aux coeurs des êtres.





Parallèlement, Sora a perdu toute trace de son ami Riku. C’est ce qui va également le pousser à parcourir les mondes (en plus de fermer les serrures) tandis que Donald et Dingo chercheront quant à eux le roi Mickey.