Le scénario du jeu prend place dans le monde d’Ivalice. Monde qui est constamment en situation de guerre. La dernière guerre en date lance le scénario de FF12, elle oppose l’Empire d’Archadia au royaume de Dalmasca. Dalmasca se situe entre Archadia et Rozzaria et constitue donc un placement géopolitique très intéressant. Suite à cette guerre, la roi Raminas, père d’Ashe et également roi de Dalmasca capitula mais perdit rapidement la vie. Dalmasca tomba dès lors entre les mains d’Archadia. A présent, l’Empire d’Archadia projette d’envahir le royaume de Rozzaria, situé au Sud-ouest d’Ivalice afin d’étendre son pouvoir qui semble infini.
Final Fantasy XII vous place dans la peau de Vaan, jeune orphelin qui vit à Rabanastre, ville sous l’emprise de l’Empire d’Archadia. Il passe des quotidiens assez tranquilles en jouant les larbins pour les plus défavorisés. Orphelin depuis une précédente guerre, il vit donc actuellement avec Penelo et les autres enfants défavorisés.
Au fond de lui, Vaan ne supporte pas le contrôle de l’Empire sur la ville et n’hésite donc pas à jouer les troubles fêtes mais mis à part cela, il ne fait pas réellement partie du conflit. Il sera plus tard rejoint par Balthier et Fran : deux Pirates des airs qui sont neutres quant à la guerre. Viendra également Ashe, la princesse de Dalmasca qui monte secrètement un groupe de résistance et enfin Basch, l’ancien général de l’armée de Dalmasca, accusé d’avoir assassiné le Roi Raminas. Vous l’aurez donc compris, ce petit groupe formera une résistance contre Vayne et son Empire...
C’est ainsi que le groupe partira à la recherche de pouvoir afin de lutter contre l’Empire. Des légendes parlent d’un pouvoir gigantesque sur Ivalice appelé Nihilithe et qui aurait le pouvoir d’absorber les magies. Ce pouvoir fut naguère utilisé pour faire régner l’ordre et la paix sur Ivalice comme le fit le roi-dynaste Raithwall mais malheureusement, certains souhaitent dorénavant se l'approprier à leur propre fin dans le but d'avoir une source de puissance. Ainsi, notre groupe partira à la recherche de ce pouvoir dans le but de renverser l’Empire d’Archadia et c’est sur cette quête qu’est en réalité basé le scénario de Final Fantasy 12.