L’histoire du jeu prend place dans un monde contemporain voire futuriste. Le héros du jeu se nomme Squall Lionheart.

Squall est un étudiant de la faculté de Balamb. Comme tout bon étudiant de Balamb, il souhaite devenir un Seed, sorte de combattant ayant pour rôle de défendre Balamb. Squall est un étudiant renfermé qui ne laisse apparaître quasiment aucunes émotions, ce qui lui joue parfois des tours puisqu’il n’a pas vraiment d’ami. D’ailleurs, il passe son temps à se battre avec Seifer, son rival.

Ainsi, c’est alors que l’aventure débute, Squall commence son apprentissage et tissera peu à peu des liens avec les personnes qu’il va rencontrer.  

Mais voilà, tout n’est pas rose et actuellement, Balamb est en concurrence avec Galbadia et la prochaine confrontation risque d’être terrible… Pourtant, derrière la rivalité entre ces deux facs se cachent des choses bien plus importantes…