Xenosaga se déroule à plusieurs milliers d’années avant Xenogears. Le jeu se lance sous une introduction qui vous montre la découverte du mystérieux artefact, le Zohar. Des années passèrent et l’humanité quitta la terre pour l’espace. Vous commencez le jeu sous la peau de Shion Uzuki qui travaille pour Vector dans le développement d’une arme capable de détruire les Gnosis, cette arme est une androïde sous le nom de Kos-Mos qui sera un personnage clef du scénario.

Les Gnosis sont des monstres extraterrestres qui attaquent les humains et qui chercheraient à s’emparer du Zohar. L’aventure débute alors que vous prenez le contrôle de Shion, vous commencez à prendre connaissance du personnage ainsi que de Kos-Mos, une androïde dont l’empreinte philosophique est sans doute la plus marquée.