Advent Children se déroule deux ans après la mort de Sephiroth. Cloud ainsi que Tifa, et sûrement le reste de la troupe, sont repartis faire leurs vies chacun de leurs côtés. Cloud et Tifa ont montés une entreprise de livraison du nom de « Strife ». Tifa s'occupe des affaires tandis que notre héros blond est coursier. La seconde fonction de l’entreprise est de servir d’orphelinat pour les enfants orphelins atteints du Geostigma.
Nous voilà donc dans les nouveaux décors de Final Fantasy VII.




Dès lors, trois jeunes hommes, nommé Kadaj, Loz et Yazoo,  font leur apparition sur leurs motos, ils prétendent que Cloud est leur frère et semblent être à la recherche de « Mère ».
Le Geostigma est du aux multiples cellules de Jenova dans la rivière de la vie, cette maladie provoque une perte du mental, des douleurs et peut même engendrer la mort.

Les 3 têtes brûlées attaque alors Cloud pour savoir où se trouve Mère (comprenez Jenova, enfin ce qu’il en reste), puis notre cher héro se rend au QG des Turks après un coup de fil au 7ème Ciel. L’homme encapuchonné lui demandera alors de travailler pour lui en tant que garde du corps… Cloud refuse, il a raccroché et pour de bon.



Néanmoins le blondinet va tout de même reprendre les armes, pour sauver la planète de l’emprise du Geostigma et de la menace des trois frères qui envisagent ce qu'ils appellent la « Réunion ».