Aya Brea: Aya est toujours l'héroine de parasite eve 2, elle nous reviens assez changée, légèrement plus vieille, Aya a quittée la police pour une unité secrète chargée de s'occuper de la mitochondrie, une bactérie qu'elle peut contrôler, contrairement aux humains!....

Kyle Madigan: Kyle semble être un détective, qui enquêterais sur l'apparution soudaine des monstres en ville, il rencontrera Aya lors d'une mission dans le désert et deviendra très complice avec elle, est il bon, digne de confiance? à vous de le découvrir

Rupert: c'est le compagnon d'Aya, mais il vous quiterra rapidement dans la tour d'Akropolis, il voue une haine envers les monstres parasite car ceux ci sont responsables de la mort de sa famille....

Pierce: c'est lui aussi un des collègues d'Aya, il est très fort en informatique et c'est lui qui vous entraînera au début dans les tirs, on le voit très peu dans le jeu et il y d'ailleurs occupe peu d'importance....

Eve: cette jeune fille est mystérieuse, elle s'enfuie devant vous et vous attaquera, en fait, Eve a été une cobaye de la mitochondrie et sait la contrôler, cependant son rôle reste encore obscure