Comme dit dans la page introductive, l'héroïne du jeu se nomme Aya Brea. Après avoir vaincu Eve et ses monstres dans le 1er volet, Aya, poursuit dans le 2nd volet, les affaires paranormaux.
Elle travaille donc maintenant chez le MIST (Mitochondrion Investigation and Suppression Team) une section secrète qui s'occupe des affaires qui touche la mitochondrie.

Mais après des affaires étranges, il paraîtrait que dans la tour d'akropolis de Los Angeles, il y ait eut l'apparition de monstres bizarres, horribles!
Aya se rend donc dans la tour et est confrontée à ces horribles monstres, elle apprend qu'il s'agit d'une nouvelle espèce de créature Mitochondriale bien plus puissante que ceux qu'elle a rencontré 3 ans auparavant!

Après le drame de la tour, elle est envoyée seule (comme une grande) dans le désert, dans une ville où d'autres monstres mitochindriens (ça se dit?) seraient apparus...
Sa quête débute alors!