Vous commencez le jeu dans la peau de Ryudo, un jeune Geohound (chasseur de primes en gros) qui est alors en train de remplir une de ses missions au coté de son compagnon Skye, un faucon qui a la capacité de parler (et d’attaquer aussi, plutôt pratique le piaf ^^).
Ayant à peine fini sa dernière mission, Ryudo découvre une lettre accrochée à la branche d’un arbre. Et voila que c’est repartit pour un nouveau job.
C’est l’église qui lui demande d’escorter une bonne sœur nommé Elena jusqu’à la tour de Valmar et lui servir de garde du corps notamment pour traverser les bois bondés de monstre en tout genre.
Seulement voila, durant la cérémonie dans la tour, tout ne ce passe pas comme prévu et un incident arrive et Elena est alors touché par un mal mystérieux, Ryudo ayant alors voulu la sauver la surprend avec des ailles de démon dans son dos.
De retour à l’église le prêtre explique à celui-ci qu’il connaissait les risques qui courrait établir cette cérémonie dans la tour et c’est  bien ce qui est arrivé à Elena, elle a été touché par Valmar, le diable en personne. Ce dernier a été vaincu par Granas (dieu si vous voulez) il y a de ça bien longtemps, tellement longtemps que tout le monde croit que ce n’est qu’une légende comme une autre. Mais Valmar vaincu n’est pas pour autant mort et il tente de faire son come back sur terre. Il matérialise alors des parties de lui-même sur la planète terre, et c’est pour cette raison que Elena est possédé par les « ailles de Valmar ».
Dès lors le prêtre vous propose d’aller voir le pape Zera à la grande cathédrale pour lui demander que faire. Au passage vous aurez bien des péripéties.

Même si le scénario de Grandia 2 parait à première vue très basique par le cliché du Bien contre le mal, ne vous fié pas aux apparences car ce scénario vous surprendra bien plus d’une fois et la trame de départ s’avère alors être l’arbre qui cache la foret.