Vous débuterez le jeu dans la peau de Fayt Leingod sur la planète d’Hyda IV. La famille Leingod (de grande renommée scientifique) accompagnée de Sophia Esteed est en vacance sur cette paisible planète. Alors que nos deux héros s’amusent tranquillement dans le simulateur de combat, les ennuis arrivent. En effet, Hyda IV est attaqué par une force inconnue et nos héros doivent s’enfuir. Fayt, forcé par ses parents, prend alors une des nacelles de secours en laissant derrière lui ses parents Robert et Ryoko ainsi que Sophia.



C’est alors que Fayt débarque sur une planète appelée Vanguard III et dont le développement est faible. Vous allez y passer un court moment et notamment y rencontrer Cliff, un Klausian. C’est là que l’histoire commence vraiment, Cliff dit être sur Vanguard III à votre recherche et selon lui, il ne serait pas le seul à votre recherche. Que cache Fayt ? Pourquoi son rôle est-il si primordial ? Toutes ces questions vont se développer au fil du jeu et vous en apprendrez beaucoup plus sur les origines des différents mondes de la galaxie ainsi que sur Fayt et tout son groupe.



Après la planète Vanguard III, vous allez atterrir en catastrophe sur la planète Elicoor II. Une autre planète sous développé qui est idéologiquement coupé en deux. D’un côté ceux qui défendent la cause d’Airyglyph et de l’autre ceux qui défendent celle d’Aquios. C’est dans ce cadre spatial que vous allez réellement entrer dans le scénario de Star Ocean 3 !