Le scénario du jeu se situe durant la période de la guerre froide, plus précisément durant le milieu des années 60. Suite à la grande crise du Cuba (l’URSS a installé des bases militaires à Cuba, une île près des Etats-Unis qui pourrait raser la côte Est) opposant les Etats-Unis et l’URSS, un compromis a été établit indiquant que l’URSS retirera ses bases militaires du Cuba, en échange, les Etats-Unis devront lever leur blocus et livrer le scientifique Nikolai Stephanovich Sokolov.



Ainsi, deux années ont passés et la CIA, conscient du danger que pourrait représenter une création de Sokolov dépêche un agent dont le surnom est Jack et dont le nom de code sera Snake. Celui-ci a été formé par la légendaire The Boss, héros de la seconde guerre mondiale avec sa Team Cobra. C’est ainsi que débute le jeu, vous serez envoyé dans une vertuous mission afin de ramener Sokolov. Cependant, après certains évènements, il se trouve que Sokolov sera capturé par Volgin et la Team Cobra (comprenant The Boss).
C’est alors que débute l’opération Snake Eater dans laquelle Snake devra secourir Sokolov et vaincre The Boss… et par la même, c’est là que débute réellement le sublime scénario de MGS3 !